질의제목 :	민원인 - 수산자원보호구역 내 농지에 시설을 설치하려는 경우 「농지법」 적용 여부(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제76조 등 관련)
관련문서 :	법제처 법령해석총괄과 - 2907(2020. 6. 30.)

1. 질의요지

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 함)  제76조제5항제5호에서는 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역인 경우의 건축물이나 그 밖의 시설의 용도ㆍ종류 및 규모 등의 제한에 관하여는 같은 조 제1항부터 제4항까지에도 불구하고 「수산자원관리법」에 따른다고 규정하고 있는바, 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역 내에 위치한 농지에 대해 농지전용허가에 관한 「농지법」 제37조가 적용되는지?

「농지법」 제2조제1호에 따른 농지를 말하며, 이하 같음.

※ 질의배경

민원인은 위 질의요지에 대해 농림축산식품부로부터 「농지법」이 적용된다는 회신을 받자 이에 이견이 있어 법제처에 법령해석을 요청함.

2. 회답

이 사안과 같이 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역 내에 위치한 농지에 대해서도 「농지법」 제37조가 적용됩니다.

3. 이유

입법목적을 달리하는 법률들이 일정한 행위에 관한 요건을 각각 규정하고 있는 경우에는 어느 법률이 다른 법률에 우선하여 배타적으로 적용된다고 해석되지 않는 이상 어떤 행위가 둘 이상의 법률의 요건에 모두 해당한다면 둘 이상의 법률이 모두 적용되는바, 국토계획법은 국토의 이용․개발과 보전을 위한 계획의 수립 및 집행 등에 필요한 사항을 정하는 것을 목적(제1조)으로 하는 법률이고, 「수산자원관리법」은 수산자원의 보호․회복 및 조성 등에 필요한 사항을 규정하여 수산자원을 효율적으로 관리함을 목적(제1조)으로 하는 법률이며, 「농지법」은 농지의 소유․이용 및 보전 등에 필요한 사항을 정함으로써 농지를 효율적으로 이용하고 관리하여 농업인의 경영 안정과 농업 생산성을 향상시키는 것을 목적(제1조)으로 하는 법률로서, 세 법은 각각 입법목적을 달리하는 별개의 법률이므로 일반적으로 어느 법률이 다른 법률에 우선하여 배타적으로 적용되는 관계에 있다고 볼 수 없습니다.

대법원 2010. 9. 9. 선고 2008두22631 판결례 참조

그런데 국토계획법 제76조제5항제5호에서는 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역인 경우에는 건축물이나 그 밖의 시설의 용도․종류 및 규모 등의 제한에 관하여 같은 조 제1항부터 제4항까지에서 정한 건축물의 건축 제한 등에도 불구하고 「수산자원관리법」에서 정하는 바에 따르도록 하여 수산자원보호구역에 한해 「수산자원관리법」이 국토계획법에 우선하여 적용된다고 규정하고 있을 뿐 「농지법」의 적용 관계에 대해서는 별도로 규율하고 있지 않고, 「수산자원관리법」에서도 같은 법이 적용되는 수면 등의 범위(제3조)와 수산자원보호구역에서 허용되는 도시․군계획사업의 종류, 허용되는 행위 등에 대한 구체적 기준은 정하고 있으나(제52조) 같은 법을 「농지법」에 우선 적용하도록 하는 규정은 두고 있지 않습니다.

그렇다면 수산자원보호구역 내에 위치한 농지에 대해서도 「농지법」의 적용이 배제되지 않으므로 같은 법 제34조제1항에 따른 농지전용허가 및 같은 법 제37조에 따른 농지전용허가 등의 제한에 관한 규정이 모두 적용된다고 보아야 합니다.

따라서 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역인 경우에 해당하여 국토계획법 제76조제5항제5호에 따라 건축 제한 등에 관하여 같은 조 제1항부터 제4항까지의 적용이 배제되고 「수산자원관리법」이 적용되더라도 해당 수산자원보호구역 내의 농지에 대해서는 농지전용허가에 관하여 「농지법」 제37조가 적용됩니다.

국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제76조(용도지역 및 용도지구에서의 건축물의 건축 제한 등) ① ～ ④ (생  략)

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우의 건축물이나 그 밖의 시설의 용도ㆍ종류 및 규모 등의 제한에 관하여는 제1항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. ～ 4. (생  략)

5. 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역인 경우에는 「수산자원관리법」에서 정하는 바에 따른다.

⑥ (생  략)

수산자원관리법

제52조(수산자원보호구역에서의 행위제한 등) ① 수산자원보호구역에서의 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 도시ㆍ군계획사업은 대통령령으로 정하는 사업에 한정하여 시행할 수 있다.

② 수산자원보호구역에서는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제57조 및 같은 법 제76조에도 불구하고 제1항에 따른 도시ㆍ군계획사업에 따른 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 "허가대상행위"라 한다)에 한정하여 그 구역을 관할하는 관리관청의 허가를 받아 할 수 있다.

1. ～ 3. (생  략)

③ ～ ⑦ (생  략)

농지법

제37조(농지전용허가 등의 제한) ① 농림축산식품부장관은 제34조제1항에 따른 농지전용허가를 결정할 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설의 부지로 사용하려는 농지는 전용을 허가할 수 없다. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역ㆍ계획관리지역 및 개발진흥지구에 있는 농지는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설의 부지로 사용하더라도 전용을 허가할 수 있다.

1. 「대기환경보전법」 제2조제9호에 따른 대기오염배출시설로서 대통령령으로 정하는 시설

2. 「물환경보전법」 제2조제10호에 따른 폐수배출시설로서 대통령령으로 정하는 시설

3. 농업의 진흥이나 농지의 보전을 해칠 우려가 있는 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

② 농림축산식품부장관, 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제34조에 따른 농지전용허가 및 협의(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다)를 하거나 제36조에 따른 농지의 타용도 일시사용허가 및 협의를 할 때 그 농지가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 전용을 제한하거나 타용도 일시사용을 제한할 수 있다.

1. 전용하려는 농지가 농업생산기반이 정비되어 있거나 농업생산기반 정비사업 시행예정 지역으로 편입되어 우량농지로 보전할 필요가 있는 경우

2. 해당 농지를 전용하거나 다른 용도로 일시사용하면 일조ㆍ통풍ㆍ통작(通作)에 매우 크게 지장을 주거나 농지개량시설의 폐지를 수반하여 인근 농지의 농업경영에 매우 큰 영향을 미치는 경우

3. 해당 농지를 전용하거나 타용도로 일시 사용하면 토사가 유출되는 등 인근 농지 또는 농지개량시설을 훼손할 우려가 있는 경우

4. 전용 목적을 실현하기 위한 사업계획 및 자금 조달계획이 불확실한 경우

5. 전용하려는 농지의 면적이 전용 목적 실현에 필요한 면적보다 지나치게 넓은 경우

<관계 법령>